Fundatorem nagrody jest Gmina Miejska Kraków. Nagroda jest przyznawana co pięć lat związanym z nauką polską autorom wyróżniających się prac z zakresu dziedzin nauki, którym zajmował się Mikołaj Kopernik, a mianowicie: astronomii, ekonomii, filologii klasycznej, filozofii przyrody, kosmologii ii astrofizyki, matematyki, medycyny, nauki o Ziemi, prawa.

Prawo zgłaszania kandydatów do nagrody przysługuje wszystkim członkom PAU, Komisjom PAU, rektorom szkół wyższych, dyrektorom instytutów PAN, Towarzystwom Naukowym. Nagrody w 2020 r. będą przyznawane za prace opublikowane (w języku polskim lub w jednym z języków kongresowych) w pięcioleciu 2015-2019, czyli przez 1 stycznia 2020 r. Uzasadnione wnioski wraz z egzemplarzem publikacji należy kierować na adres Kancelarii PAU w Krakowie, ul. Sławkowska 17, w terminie do 30 czerwca 2020 r.

Informacje o Nagrodzie Naukowej im. Mikołaja Kopernika dostępne są na stronie internetowej Polskiej Akademii Umiejętności.